
Il museo, allestito al piano terreno di
Palazzo Massari, è stato inaugurato nel 1998 in occasione della donazione alla città della collezione di Manlio e Franca Malabotta, che ha arricchito di circa 200 lavori di straordinaria qualità il fondo di opere di Filippo de Pisis già di proprietà del museo, dando vita alla più importante e ampia collezione pubblica di dipinti e opere grafiche del pittore ferrarese.
La raccolta testimonia l'intero percorso creativo dell’artista: la giovinezza ferrarese e il periodo romano; il soggiorno parigino, segnato da una personalissima rivisitazione della pittura metafisica e dalla successiva maturazione di quella prodigiosa "stenografia pittorica" con la quale il pittore traduce sulla tela l'emozione di un paesaggio o di un interno; infine il rientro in Italia e agli anni di Villa Fiorita, dove prende forma un'inedita sintassi figurativa ridotta all'essenziale.

Oltre ai dipinti e alla grafica del grande maestro ferrarese, il museo conserva una cospicua raccolta di opere dei maggiori artisti nati o vissuti a Ferrara nel XX secolo: i pittori Aroldo Bonzagni, Achille Funi, Mimì Quilici Buzzacchi, Mario Pozzati e Roberto Melli - del quale è documentata anche la produzione plastica - e gli scultori Arrigo Minerbi, Giuseppe Virgili, Annibale Zucchini ed Enzo Nenci. Vi sono esposte anche opere di celebri maestri non originari della città, quali Mario Sironi e Carlo Carrà.